Πρωτεύουσα του νησιού είναι η Χώρα με την ιδιαίτερη αρχιτεκτονική της. Βρίσκεται στο δυτικό τμήμα του νησιού, χτισμένη αμφιθεατρικά πάνω στο λόφο. Θεωρείται ίσως ο ωραιότερος οικισμός του Αιγαίου. Το λιμάνι στους πρόποδες ονομάζεται Πέρα Γιαλός. Παλαιότερα αποτελούσε ξεχωριστό οικισμό, όμως σήμερα έχει ενωθεί με τη Χώρα. Στην κορυφή του οικισμού δεσπόζει το ενετικό Κάστρο, με τη σκούρα, ντόπια πέτρα, ενώ γύρω του βρίσκονται χτισμένα κατάλευκα τετράγωνα σπίτια, με μπλε παράθυρα και πόρτες, κολλητά το ένα δίπλα στο άλλο. Στον αυχένα του λόφου είναι η κεντρική πλατεία του νησιού και είναι κτισμένοι 8 παραδοσιακοί πέτρινοι ανεμόμυλοι. Οι περισσότεροι έχουν επισκευαστεί ή συντηρηθεί πρόσφατα. Έχουν σχήμα κυλίνδρου και ανήκουν στην κατηγορία του ξετροχαρή μύλου, του οποίου η σκεπή γυρίζει ανάλογα με την κατεύθυνση του ανέμου. Σε πολύ καλή κατάσταση βρίσκονται οι περισσότεροι από αυτούς, οι οποίοι χρησιμοποιούνται και σήμερα. Ο ένας μάλιστα είναι και γραφείο του Δήμου, όπου παρέχονται πληροφορίες σχετικά με το νησί. Ένας άλλος χρησιμοποιείται για διάφορες εκθέσεις κι εκδηλώσεις που διοργανώνονται κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού. Παλιότερα εξυπηρετούσαν τις ανάγκες των κατοίκων, σήμερα όμως έχουν χαρακτηριστεί διατηρητέοι.
Ακολουθώντας απο τη Χώρα το δρόμο από τους ανεμόμυλους και με δυτική κατεύθυνση κατηφορίζουμε στον παραθαλάσσιο οικισμό Λιβάδι. Απλωμένος σε μια εύφορη κοιλάδα, στο μυχό του ομώνυμου όρμου το Λιβάδι είναι ένας παραθαλάσσιος μικρός οικισμός όπου αντικρίζει κανείς πράσινο και είναι η πιο παραγωγική και εύφορη. Σε αυτή την κοιλάδα βρίσκονται πολλά περιβόλια με μανταρινιές, ροδιές, λεμονόδεντρα, πορτοκαλιες και αμπέλια. Διαθέτει επίσης την πλεόν πιο οργανωμένη παραλία του νησιού με πεντακάθαρα νερά για κολύμπι και θαλάσσια σπορ όπου αγναντεύεις την απεραντοσύνη της θάλασσας μα πάνω απ’ όλα την υπέροχη εικόνα του βενετσιάνικού κάστρου . Στο Λιβάδι υπάρχουν αρκετά ταβερνάκια, ουζερί, σούπερ μάρκετ που βρίσκονται κυριολεκτικά στην άκρη του κύματος με θέα τη χώρα και το κάστρο.
Στην βορειοδυτική άκρη, την «πλάτη» της κοιλάδας έχει κατασκευαστεί το φράγμα όπου συγκεντρώνονται τα νερά των χειμάρρων, τη περίοδο των βροχών. Έτσι έχει σχηματιστεί μια τεχνητή λίμνη η οποία καλύπτει τις ανάγκες του νησιού σε νερό.
Μια ήσυχη επιλογή διαμονής, το λιβάδι διαθέτει αρκετά ενοικιαζόμενα δωμάτια και η παραλια του απεχει περιπου 1,5 χιλιόμετρα από τη Χώρα. Εξάλλου θεωρείται και η αφετηρία για εξορμήσεις στις μαγευτικές παραλίες του νησιού.
Ακολουθώντας τον ανηφορικό δρόμο στο τέλος της παραλίας μετά το γηπεδάκι 5×5 συναντάμε τον οικισμό του Αγίου Βασιλείου.
Στο ανατολικό τμήμα του νησιού βρίσκεται ο δεύτερος μεγαλύτερος οικισμός του νησιού, η Μαλτεζάνα, ή Ανάληψη. Πρόκειται για ένα παραθαλάσσιο χωριό με ωραία αμμουδιά, κτισμένο σε μια κοιλάδα. Το όνομα πιθανότατα προήλθε από τους Μαλτέζους πειρατές που στάθμευαν στην περιοχή. Χαρακτηριστικό του οικισμού είναι το λιμανάκι με τα ψαροκάικα και τα απλωμένα δίχτυα. Από εκεί προμηθεύεται όλο το νησί με φρέσκο ψάρι. Τα τελευταία χρόνια η Μαλτεζάνα παρουσιάζεται έντονη τουριστική ανάπτυξη. Η καταπράσινη δροσερή κοιλάδα, που τα τελευταία χρόνια αναπτύσσεται και τουριστικά, καταλήγει σε προστατευμένη από τον βοριά παραλία σκιασμένη με δεκάδες αρμυρίκια. Υπάρχουν πολλές επιλογές για διαμονή αλλά και πολλές ταβέρνες.
Το Βαθύ είναι ένας κλειστός όρμος που αποτελεί τον πιο ασφαλή κόλπο του νησιού με μειονέκτημα, όμως, το πολύ μικρό του βάθος σε κάποια σημεία (μόλις 2,8 μέτρα) ο οποίος μοιάζει περισσότερο με λιμνοθάλασσα. Εκεί υπάρχουν δύο οικισμοί, το Έξω Βαθύ, κτισμένο στην είσοδο του όρμου με μια μικρή σκάλα όπου δένουν καΐκια, και το Μέσα Βαθύ, στο μυχό του κόλπου, με χωράφια, λιγοστά δέντρα και αμπέλια. το Έξω και το Μέσα Βαθύ (απέχουν περίπου 2 χιλιόμετρα).
Χαρακτηριστικό στοιχείο της Αστυπάλαιας είναι οι πολλές βραχονησίδες που την περιτριγυρίζουν, οι οποίες ανήκουν διοικητικά σε αυτήν. Οι νησίδες είναι το Χονδρό, το Λιγνό, η Αγία Κυριακή με το ομώνυμο εκκλησάκι, ο Κουτσομύτης με την όμορφη παραλία, οι Κουνούπες στη νοτιανατολική πλευρά του νησιού, τα Κτένια, η Ποντικούσα, η Οφιδούσα και το Κατσαγρέλι στα δυτικά, ενώ στα βόρεια βρίσκονται τα Φωκιονήσια. Η νησίδα του Αγίου Φωκά αποκόπηκε από το νησί το 1956. Μια λωρίδα ξηράς που αποκόπηκε, σχηματίζοντας μια καινούργια νησίδα που βαφτίστηκε με το όνομα της μικρής εκκλησιάς που «πήρε μαζί της». Λίγο μακρύτερα βρίσκονται οι Αδερφοί και η Σύρνα.